ینای مدرسه‌عالی شهید مطهری تحت نام مدرسه‌عالی سپه‌سالار توسط مرحوم میرزا حسین‌خان سپه‌سالار در سال ۱۲۵۷ شمسی بر اساس نهاد وقف بنیان نهاده شد؛ و پس از مدتی وقفه در سال ۱۲۶۱ شمسی اتمام پذیرفت. این مدرسه باهدف بهره‌گیری از علوم جدید در پیشبرد معارف اسلامی در سال ۱۲۷۱ شمسی آغاز به کار و مطابق وقف نامه طلاب این مدرسه فقه، اصول و علوم معقول و منقول را فرا می‌گرفتند.
محل اولیه دانشکده الهیات و معارف اسلامی دانشگاه تهران در زمان تأسیس (سال ۱۳۱۳ شمسی) تحت عنوان دانشکده معقول و منقول در مدرسه‌عالی سپه‌سالار قرار داشت. در سال ۱۳۴۸ شمسی و به‌موجب تبصره ۲ ماده واحده قانون تعیین ارزش تحصیلی فارغ‌التحصیلان مدرسه‌عالی سپه‌سالار برنامه آموزشی دوره مدرسی علوم دینی مدرسه‌عالی سپه‌سالار در سطح لیسانس در دو رشته «علوم قرآن و فقه اسلامی» و «کلام و حکمت اسلامی» مورد تأیید معاون آموزش و علوم انسانی وزارت علوم و آموزش عالی وقت قرار گرفت. این روند تا انقلاب شکوهمند اسلامی ادامه داشت.
پس از انقلاب و با شهادت استاد مطهری (ره)، مدرسه‌عالی سپه‌سالار به مدرسه‌عالی شهید مطهری تغییر نام یافت؛ و با حکم رهبر کبیر انقلاب حضرت امام خمینی (رضوان‌الله تعالی علیه) آیت‌الله امامی کاشانی به‌عنوان تولیت این مدرسه منصوب گردیدند.
در سال ۱۳۶۰ (ه.ش) مدرسه‌عالی شهید مطهری با پذیرش دانشجو (خواهر و برادر) در رشته علوم دینی و معارف اسلامی، دوره جدید فعالیت‌های منسجم و مدون علمی خود را آغاز کرد؛ و در سال ۱۳۶۶ رشته‌های «فقه و حقوق اسلامی» و «فلسفه و حکمت اسلامی» در دو مقطع کارشناسی و کارشناسی‌ارشد جایگزین رشته مذکور گردید و در سال ۱۳۷۳ اقدام به پذیرش دانشجو در مقطع دکتری رشته فقه و حقوق خصوصی و فقه و حقوق جزا و سپس در رشته‌های فلسفه تطبیقی و کلام اسلامی نمود. همچنین رشته فقه و حقوق خصوصی، فقه و حقوق جزا، فقه و حقوق خانواده و شیعه شناسی در مقطع کارشناسی‌ارشد و رشته روانشناسی و فلسفه و کلام اسلامی در مقطع کارشناسی از دیگر رشته‌های این مرکز علمی می‌باشد که در فروردین‌ماه ۱۳۸۹ با تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی دانشگاه شهید مطهری نامیده شد.
از مهم‌ترین ویژگی‌های این دانشگاه تحصیل هم‌زمان علوم حوزوی و دانشگاهی و تأسیس سه واحد علمی آموزشی دیگر در شهرهای مشهد (۱۳۶۸ ه.ش)، یزد و زاهدان (۱۳۷۶ ه.ش) می‌باشد.
درباره مؤسس: حاج میرزا حسین‌خان سپه‌سالار در اواخر سال ۱۲۴۱ ه.ق در قزوین به دنیا آمد. پدرش، میرزا نبی خان، از رجال دربار قاجاریه و فرزند ابوالقاسم خان مازندرانی بود که به قزوین آمد و در آنجا سکونت گزید و بعداً فرزندان او به قزوینی اشتهار یافته‌اند. او که فرزند ارشد خانواده بوده تحصیلات ابتدائی خود را در قزوین به انجام رساند و به مدرسه دارالفنون تهران راه یافت و زبان فرانسه و علوم ریاضی را فراگرفت و در سال ۱۲۵۵ ه.ق با سمت منشی‌گری به میرزا باقر ملک‌الکتاب سپرده شد و بعد از چند سال نیز به استخدام وزارت خارجه درآمد. میرزا حسین‌خان نزد میرزا جعفرخان مشیرالدوله که یکی از پنج جوان اعزامی به لندن در سال ۱۲۳۰ ه.ق بود علوم جدید را فراگرفت و پس از مدتی همراه برادر کوچکش، یحیی، برای تحصیل عازم فرانسه گردید. میرزا حسین‌خان سپه‌سالار منظور نظر میرزا تقی‌خان امیرکبیر بوده و تحت تربیت او قرارگرفته است.
