بنای مدرسه‌عالی شهید مطهری تحت نام مدرسه‌عالی سپه‌سالار توسط مرحوم میرزا حسین‌خان سپه‌سالار در سال ۱۲۵۷ شمسی بر اساس نهاد وقف بنیان نهاده شد؛ و پس از مدتی وقفه در سال ۱۲۶۱ شمسی اتمام پذیرفت. این مدرسه باهدف بهره‌گیری از علوم جدید در پیشبرد معارف اسلامی در سال ۱۲۷۱ شمسی آغاز به کار و مطابق وقف نامه طلاب این مدرسه فقه، اصول و علوم معقول و منقول را فرا می‌گرفتند.

محل اولیه دانشکده الهیات و معارف اسلامی دانشگاه تهران در زمان تأسیس (سال ۱۳۱۳ شمسی) تحت عنوان دانشکده معقول و منقول در مدرسه‌عالی سپه‌سالار قرار داشت. در سال ۱۳۴۸ شمسی و به‌موجب تبصره ۲ ماده واحده قانون تعیین ارزش تحصیلی فارغ‌التحصیلان مدرسه‌عالی سپه‌سالار برنامه آموزشی دوره مدرسی علوم دینی مدرسه‌عالی سپه‌سالار در سطح لیسانس در دو رشته «علوم قرآن و فقه اسلامی» و «کلام و حکمت اسلامی» مورد تأیید معاون آموزش و علوم انسانی وزارت علوم و آموزش عالی وقت قرار گرفت. این روند تا انقلاب شکوهمند اسلامی ادامه داشت.